《盖亚奥特曼》的剧情发生在一个危机四伏的未来世界。在1998年的日本，超级电脑“炼金之星”预见到地球将面临毁灭的威胁，这一威胁被称为“根源的破灭招来体”。为了保卫地球，人类利用炼金之星的技术创建了全球防御组织GUARD，而XIG则是其精锐的战斗力量。

天才少年高山我梦，在一次实验中意外与神秘的红光巨人相遇。当破坏招来体首次袭击时，我梦渴望获得力量保护地球，于是他与巨人合为一体，化身为“盖亚奥特曼”。与此同时，另一名青年藤宫博也也获得了变身成“阿古茹奥特曼”的力量。

两位奥特曼因理念不同而亦敌亦友，但最终为了共同的目标——保护地球，他们选择并肩作战。他们与破坏招来体展开了一系列惊心动魄的战斗，展现了无畏的勇气和坚定的信念。整个剧情充满了科幻色彩和动作场面，让人目不暇接。