《对魔导学园35试验小队》的剧情发生在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界里，武力的最高境界已经由使用利剑，转变为使用魔法，再进一步升级到使用枪械。故事的主角草薙哮，就读于专门培训取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”。他是一个特立独行的存在，完全不会使用枪械，只依赖一柄刀与敌人交锋。

草薙哮率领的第35试验小队，被戏称为“杂鱼小队”，由一群劣等生拼凑而成。然而，某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，意外地加入了这支队伍。凤樱花的加入，无疑为小队增添了强大的战斗力。

随后，草薙哮带领队员执行回收魔导遗产的任务。在执行任务的过程中，他们遭遇了种种困难和挑战，但凭借着团队的协作和勇气，他们逐渐克服了困难，并展开了一场惊心动魄的学园动作奇幻冒险。整个剧情充满了紧张与刺激，同时也展现了友情与成长的主题。