《对魔导学园35试验小队》的剧情发生在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界里,武力的最高境界已经由使用利剑,转变为使用魔法,再进一步升级到使用枪械。故事的主角草薙哮,就读于专门培训取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”。他是一个特立独行的存在,完全不会使用枪械,只依赖一柄刀与敌人交锋。
草薙哮率领的第35试验小队,被戏称为“杂鱼小队”,由一群劣等生拼凑而成。然而,某一天,拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花,意外地加入了这支队伍。凤樱花的加入,无疑为小队增添了强大的战斗力。
随后,草薙哮带领队员执行回收魔导遗产的任务。在执行任务的过程中,他们遭遇了种种困难和挑战,但凭借着团队的协作和勇气,他们逐渐克服了困难,并展开了一场惊心动魄的学园动作奇幻冒险。整个剧情充满了紧张与刺激,同时也展现了友情与成长的主题。