《刺客信条》电影版的剧情发生在现代与18世纪西班牙的交织背景中。
现代线剧情:主角卡勒姆·洛克斯是死刑犯,他被一个神秘组织“圣殿骑士”选中,通过一种机器“Animus”回溯祖先的记忆,寻找一个能够控制人类思想的神秘物体“伊甸园碎片”。在回溯过程中,他发现自己是18世纪西班牙刺客阿奎拉的后裔。
18世纪线剧情:阿奎拉与圣殿骑士展开激战,双方都在寻找“伊甸园碎片”。阿奎拉与同伴玛丽亚·索菲亚·里维拉一起,试图阻止圣殿骑士得到这个物体。在这个过程中,他们发现了一个阴谋,即圣殿骑士打算用“伊甸园碎片”来控制世界。
两条线最终交汇:在现代,卡勒姆与“圣殿骑士”的战斗中,他凭借从祖先记忆中学习到的刺客技能,成功抢回“伊甸园碎片”,并摧毁了“Animus”机器,使“圣殿骑士”无法再回溯历史。最后,卡勒姆用“伊甸园碎片”的力量摧毁了“圣殿骑士”的总部,保护了世界不被其控制。