《命运之夜 无限剑制》描绘了一个围绕着能实现愿望的神秘圣杯而展开的战争故事。故事中，卫宫士郎作为魔术师卫宫切嗣的养子，偶然间与传说中的英灵剑士Saber订下契约，被卷入了被称为“圣杯战争”的残酷争斗中。

在这场战争中，七位魔术师作为Master，各自召唤出七位英灵作为Servant，他们被分为七个不同的职阶，各自为夺取圣杯而互相厮杀。士郎和Saber组成的队伍，虽然实力不俗，但也要面对其他强大的对手，如擅长弓箭的Archer、使用长枪的Lancer等。

随着战争的深入，士郎逐渐了解到自己养父的过去，以及圣杯背后隐藏的真相。他不仅要面对强大的敌人，还要面对自己内心的挣扎和成长。最终，士郎和Saber能否在圣杯战争中取得胜利，实现他们的愿望，成为了故事的最大悬念。