《大周皇子》的剧情围绕着大周皇朝的皇位继承者穆清烨展开。穆清烨儿时不幸被掳，在黑暗的小黑屋中度过了一夜，尽管经历了如此惊险的遭遇，他却没有留下创伤性应激心理障碍，反而因此机缘巧合成为了少林寺的俗家弟子。这段经历塑造了他坚韧不拔的性格和出众的武艺。

多年后，穆清烨回归皇宫，发现宫中局势复杂，各方势力暗流涌动。与此同时，一位小白花般的女主出现，她执着地寻找着曾经一面之缘的小哥哥，而这个小哥哥正是穆清烨。穆清烨对她的到来感到意外，却也被她的坚持和善良所打动。

在宫中，穆清烨不仅要面对来自皇权内部的斗争，还要应对外部的威胁。他凭借自己的智慧和武艺，一次次化解危机，保护着皇宫和大周百姓的安全。在这个过程中，他与女主之间的感情也逐渐升温，两人携手共渡难关，共同书写了一段属于他们的传奇故事。