《旅行护士第二季》的剧情在2024年继续展开，承接第一季的故事线。主人公那须田步和九鬼静这对搭档，再次携手步入了日本医疗界的风暴中心。他们此番受雇于西东京综合医院，这是一家长期担任地区医疗核心的主干医院。然而，他们很快发现，医院内部正经历着前所未有的动荡。

前院长的腐败问题被揭露后，新任院长带着“正确的医疗，正确的工作方式”的标语上台，开始着手进行一系列的组织变革。这位年轻有为、具有领袖魅力的新院长，推进任务共享、勤务管理的彻底化以及医疗的可视化，但他的做法却成为了那须田步和九鬼静的最大阻碍。

在医生短缺和加班时间受限的双重压力下，这对搭档不得不面对更加复杂的医疗环境和患者需求。他们不仅要应对日益紧张的医患关系，还要与新院长展开较量，坚守自己的医疗信念和职业道德。在一系列挑战和冲突中，他们始终坚守初心，传递着关爱与温暖，展现了医疗人员的高尚情操和职业精神。