《鸭乃桥论的禁忌推理第二季》的剧情紧承前作，深入探索了人性的欲望与黑暗面。曾是顶尖侦探学校BLUE中的天才学员鸭乃桥论，因某个致命缺陷而被剥夺了侦探资格。失意期间，他遇到了警视厅搜查一课的一色都都丸，命运因此巨变。两人携手，接连破解了一系列疑难案件，成为了名搭档。

在第二季中，BLUE校长向鸭乃桥论揭露了当年导致他被驱逐的“血之实习事件”的幕后黑手——莫里亚蒂家族（M家）。为了评判混血的鸭乃桥论能否成为家族一员，M家第三子温特被派往日本测试他的能力。鸭乃桥论在破解案件的过程中，不仅要面对错综复杂的事实线，更要洞悉嫌疑人内心深处的黑暗动机。这些案件涉及隐秘的性癖好、家族间的乱伦秘密，以及社会地位掩盖下的罪恶交易。

鸭乃桥论与莫里亚蒂家族之间的因缘纠葛，以及他与一色都都丸之间的合作与信任，共同编织了一个充满悬念与情欲纠葛的故事。