《鸭乃桥论的禁忌推理第二季》剧情承接第一季，继续讲述曾是顶尖侦探的鸭乃桥论，因精神失控事件而丧失侦探资格后的故事。随着他与警视厅搜查一课的一色斗真相遇并组成侦探搭档，两人联手解决了一系列高难度案件。

第二季中，鸭乃桥论与一色斗真继续他们的侦探旅程，面对更加复杂的案件和角色深度塑造。随着新角色摩里亚蒂的引入，剧情增添了巨大的不确定性。摩里亚蒂是一位具有极高智商的犯罪天才，他的登场挑战了鸭乃桥论的推理能力，并成为了他的内心阴影的象征。

与此同时，鸭乃桥论的精神状态成为了剧情中的核心悬念。他如何在困境中重拾信心，以及他的精神创伤如何影响推理能力，都是第二季深入探讨的主题。案件背后的心理动机也被更多地挖掘，使得推理过程充满了不确定性和紧张感。

随着剧情的推进，鸭乃桥论与摩里亚蒂之间的多次交锋，以及他们之间的复杂关系，将成为第二季的重点看点之一。