《特殊使命2：乱世女儿红》是一部深刻描绘抗战时期复杂情报战与人性纠葛的电视剧。故事背景设定在1937年冬季，淞沪会战国民党失利后，日军迅速攻占上海并南下，南京保卫战一触即发。此时，上海租界成为美、日、共产党与国民党四方暗中较量的情报战场。

剧中，大富豪童执中为其女儿童寒云与洞井的弟子东野太郎举办盛大婚宴，这场联姻背后隐藏着日本间谍“以华制华”的阴谋。同时，洞井也秘密培养童执中的二女儿童秋林成为双面间谍。一场神秘的军火交易在宴会中悄然进行，却因国民党情报误判而引发悲剧，军火贩子被杀，机密文件失踪。

随着剧情推进，日军宪兵队长松本宣布接受“樱花小姐”特务组织的领导，并取消对童秋林的监视。情报战愈演愈烈，军事情报以乐谱形式传递，日军运输船队遭美军潜艇伏击。国民党特派员岳辛益叛变，更添剧情波折。最终，在危机四伏中，情报仍被传递出来，伪独立第109旅阵前起义，成功突袭日军防线，与太湖游击队会合，展现了抗战中的英勇与智慧。