《捷德奥特曼剧场版：连接吧！心愿！！》的剧情紧张且充满热血。故事发生在全宇宙都面临巨大威胁的背景下，一个名为吉尔巴里斯的巨大人工头脑，意图抹杀所有知性生命体，并与加拉德隆军团一同向地球逼近。面对这无法匹敌的强敌，连奥特战士的光之力量都显得力不从心。

在地球的危机之中，欧布奥特曼、伽古拉斯·伽古拉以及捷德奥特曼挺身而出，与加拉德隆军团展开殊死搏斗。与此同时，捷德奥特曼的变身者朝仓陆得知，吉尔巴里斯是为了寻找“赤红之钢”而来到地球，而关键线索指向了冲绳。

在冲绳，朝仓陆不仅面对了加拉德隆军团的攻击，还接受了来自克西亚人比嘉爱琉的重大使命。在一系列的战斗中，朝仓陆凭借坚定的信念，使捷德奥特曼进化至究极形态“究极最终”，并使用最强武器千兆最终升华器，向吉尔巴里斯发起了最后的挑战。