《头脑特工队2》的剧情发生在女主角莱利进入青春期的阶段。随着她步入新的生活阶段，她的情绪世界也迎来了巨大的变化。原本由乐乐、忧忧、怒怒、怕怕和厌厌五种情绪主导的大脑总部，因新情绪的出现而陷入了混乱。

新加入的焦焦（焦虑）给莱利的内心带来了前所未有的挑战，她时常感到不安和犹豫。与此同时，慕慕（嫉妒）、丧丧（厌倦）和尬尬（惭愧）等情绪也陆续出现，使得原本就复杂的情绪世界更加纷乱。

在这个过程中，莱利必须学会管理自己的情绪，找到自己在人生新篇章中的位置。她的情绪们也在相互碰撞和磨合中，逐渐找到了自己的价值和意义。最终，莱利和她的情绪们共同克服了困难，迎来了成长和变化。