《珊瑚护卫队》的剧情围绕着石垣岛展开，这是一个以辣酱闻名全国的小岛。岛上计划修建一座大桥，以改善交通并促进当地经济。然而，这一计划也引发了争议，因为大桥的建设可能会对岛周围的珍贵珊瑚礁造成破坏。岛民因此分为支持和反对两派，双方展开了激烈的辩论，但都无法达成共识，使得大桥的建设计划暂时搁置。

此时，环境省的自然保护官矢岛隆来到岛上。他坚决反对大桥的建设，并提出了一个激进的建议——成立“珊瑚护卫队”。这个提议得到了反对建桥派的响应，却也激怒了支持建桥的一方。矢岛与一群热爱自然和小岛的年轻人联手，开始了一场保护石垣岛自然美景的行动。他们的抗争之路并不容易，面临着来自各方面的压力和困难，但他们仍坚定地守护着这片他们深爱的土地及其珍贵的自然资源。