电影《九五至尊》的剧情设定在2024年的中国大陆。故事从清朝雍正年间开始，雍正皇帝在宫廷斗争中脱颖而出，登上帝位，欲图开创另一个盛世。然而，在雍正十三年，八爷党策划政变，雍正虽化解危机，但意外与决心反清复明的汉女吕四娘在湖中黑洞中穿越时空，来到了2024年的中国大陆。

雍正和吕四娘意外卷入一场车祸，被送往医院。醒来后，他们震惊于眼前的现代世界。雍正巧得内地人李大虾的身份，在陌生的环境中努力适应，而吕四娘则凭借过人的身手被武术队收留。两人在这个全新的时代里，各自寻找生存之道，同时也在探索回到过去的可能性。在这个过程中，他们经历了种种挑战，也见证了时代的变迁和人性的复杂。