《少女案件疑云》以印度尼西亚某城市为背景，讲述了一系列错综复杂的案件。故事聚焦在一位聪明伶俐的少女侦探身上，她因一次偶然的机会卷入了一系列看似无关的谜团。随着调查的深入，她发现这些案件背后隐藏着同一个神秘组织的阴影。

该组织以操纵和利用年轻人为手段，进行各种非法活动。少女侦探凭借过人的智慧和勇气，不仅解开了每个案件背后的真相，还逐渐逼近了神秘组织的核心。在追查过程中，她结识了一群志同道合的伙伴，共同面对挑战。

剧情紧张刺激，充满悬疑，同时也探讨了青少年成长过程中的困境和挑战。通过少女侦探的冒险经历，观众可以感受到正义与邪恶的较量，以及勇气和智慧的力量。