《偷偷爱上你》的剧情围绕富家千金王晶展开。王晶因对年轻钢琴家徐翊的迷恋，决定女扮男装进入艺术学院音乐系。她成功与徐翊同寝室，引发了一系列啼笑皆非的事件。

徐翊已有一个名为韩宁儿的女友，他对王晶的真实身份一无所知，将她视为一个富家子弟。同时，王晶与校园中的“美女杀手”姜承飞相遇，而承飞却对另一位冰山美人黎蒨产生了兴趣。

在艺术学院，王晶逐渐展现了自己的音乐天赋，得到了严厉老师雷爱玲的认可和指导，琴艺大进。然而，当她得知雷爱玲与体育老师程家栋之间的情感波折时，不禁为之动容。

故事的高潮发生在代表全岛最高荣誉的钢琴大赛上，徐翊因意外受伤无法参赛。王晶在此时选择默默支持他，帮助他重拾信心。最终，徐翊在王晶的鼓励下重新站在舞台上，两人的关系也因此有了微妙的变化。