《神鬼任务》的剧情发生在一个错综复杂的国际背景之下。中国驻联合国大使意外身亡，引发了一场政治与阴谋的较量。特工肖在调查中发现，大使的死亡并非偶然，而是一起精心策划的谋杀案。这起案件背后，一个恐怖组织及其针对联合国的邪恶计划逐渐浮出水面。

然而，正当肖试图揭露真相时，他却发现自己成为了FBI的通缉对象，被莫名其妙地指控为谋杀大使的凶手。面对这一突如其来的打击，肖不得不转入地下，人间蒸发，一边躲避追捕，一边继续与恐怖分子斗智斗勇。

在这个过程中，一个名叫茱莉亚的女翻译成为了关键人物，她手中掌握着能够破案的重要证据。肖必须找到她，同时揭露恐怖组织的真面目，为自己洗清罪名，阻止他们的阴谋得逞。整个剧情紧张刺激，充满了意想不到的转折。