《超决战！贝利亚银河帝国》的剧情发生在奥特曼的故乡M78星云的光之国。光之国突然遭到神秘敌人的袭击，赛罗奥特曼因自信过度而陷入危机。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗成功突围并消灭了敌人。

为了查明敌人的真实身份，赛罗奥特曼独自踏上宇宙之旅，携带着父亲赠予的奥特手镯作为助力。在未知的宇宙空间中，他遇到了被巨型机器人兵团蹂躏的行星，并救下了身负重伤的岚和他的弟弟小治。岚的勇气打动了赛罗，两人合为一体，共同面对接下来的挑战。

随着调查的深入，赛罗发现操控这一切的幕后黑手是曾被奥特战士们击败的邪恶奥特战士贝利亚。贝利亚复活后建立了强大的银河帝国，企图称霸宇宙。为了粉碎贝利亚的野心，赛罗与小治、艾美拉娜公主一同乘坐宇宙飞船，穿梭于浩瀚的宇宙中，准备与贝利亚银河帝国展开终极决战。