电影《残念生物事典 剧场版》的剧情设定在日本的某个动物园内，故事围绕着中年工薪族犬养草介展开。草介在园中凝视着一只雄性红毛猩猩，心中不禁感慨自己在职场上被年轻上司训斥的苦涩生活。就在这时，一个神秘的声音打破了宁静，神明（以某种形式出现）现身，向草介揭示了一个惊人的真相：这只红毛猩猩的境遇竟与他的上司有着异曲同工之憾，两者都陷入了各自领域的困境与无奈之中。

随着剧情的深入，观众被带入了一个充满奇幻色彩的世界，其中动物的生存状态与人类社会的种种问题相互映照，引发了对生命、职场、以及人与自然关系的深刻思考。电影通过细腻的情感描绘和巧妙的情节安排，展现了主角草介在经历这一系列事件后的内心变化与成长，同时也传递出对现实社会问题的关怀与反思。